南少林寺庙被毁,至善逃离时因救人落入江中,被急流冲走，几日后被救上红船。至善脑部受伤，失去记忆，误打误撞与沿江寻找自己的午枚相遇。在红船苏三娘的帮助下，拆穿奸人阴谋，阻止南少林散落弟子被害……

少林寺探案传奇之大兴赌坊讲述的是开封府发生多起灭门案均与大兴赌坊有关，李少白查案中发现赌神韩天佑是幕后黑手，他借用假身份除掉诸葛卿，且本人还是屡次犯下命案的夜叉组织的头目。

白马镖局总镖头白啸天小女出嫁，武林各派前往贺喜，李少白代表少林出席。宴会间突发惨案，多位武林人士遭到暗杀组织黑鹰帮偷袭，新娘子也在闺房惨死。

聚义钱庄掌柜钱无用在密室中被杀，开封总捕狄八方怀疑凶手使用了少林绝学缩骨功。少林俗家弟子李少白奉命协同官府查案，却常与狄八方发生冲突。

玲珑山庄主十三燕早已退出江湖，李少白和狄八方却在其房里发现命案物证，然而十三燕中毒多年已成废人，少白查出十三燕好友屈方才是真凶。屈方听令于夜叉组织，下毒抢劫继而栽赃十三燕。

洛阳花会期间三名武林名士神秘死亡，李少白前去查案。之后查出“牡丹使者” 与嵇善德为争名向各派弟子下毒手，李少白等人将嵇善德杀死后才发现背后仍然有夜叉组织的黑手。

知府师爷张光禄被杀，少白查到与知府孙耀祖有私情的天和戏班头牌绣娘，乃是真凶。张光禄知道孙耀祖贪污，多次敲诈后被杀。孙耀祖伏法，绣娘被神秘人救走。一桩桩命案后，隐藏着夜叉组织的极大阴谋。

严永春奉师命带领南少林众弟子躲避朝廷围剿，前去寻找红船与苏三娘会合，巧遇青梅竹马梁博俦，之后在梁博俦父亲的帮助下,找到苏三娘，共同抗战，成功帮助南少林弟子离开梁城…

白马镖局总镖头白啸天小女出嫁，武林各派前往贺喜，李少白代表少林出席。宴会间突发惨案，多位武林人士遭到暗杀组织黑鹰帮偷袭，新娘子也在闺房惨死。

大理寺侍郎顾天凌请少白到将军府暗查其到底有无谋反。少白却意外发现将军二夫人就是之前的绣娘。而本是男人的绣娘竟是夜叉组织大护法笑无常。最终笑无常轻松脱逃，离去前警告少白，将有更多人因他而死。