突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往…

最上恭子（井上麻里奈 配音）是个守财奴，她疏于修饰外表，将所有的精力全都放在了打工赚钱上面。在她的心里，有一个男人的地位不得撼动，那就是现在当红的艺人不破尚（宫野守真 配音），幸运的是，他们居然是邻居...

人类企图修改植物的遗传因子，以此达到控制植物的目的，而计划失败，树木则渐渐产生了思想，开始了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相处。直至一天，阿基德…

故事发生在未来，由于来自月面的树木化成的怪物的袭击，那时的地球已经变得一片荒凉，人们不得不与森林共同生活，并且建立起了敌对的关系。不过本片主角阿基多所居住的中立都市则一直寻求着与森林共存的方法。在某一天，前往封禁之泉取水…