哥斯拉破坏日本多年，〈G对策总部〉发明黑洞炮对付。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。

接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37\%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的…

的场一佐(鹿贺丈史)等30名自卫队员, 因驻屯地事故而时间跳跃至战国时代1549年开始. 的场的原属下 - 鹿岛(江口洋介)与造成事故的神崎(铃木京香)为拯救的场一行, 也来到战国时代, 却发现的场想代替织田信长而改变历史

接续前作《哥吉拉X机械哥吉拉》的故事，一年前与哥吉拉的决战，机龙受损程度37%，失去了右腕及终极武器——绝对零度炮。维修组员中条义人在八王子基地负责修复机龙的工作。某日中条在他叔叔信一的别墅家渡假时，婴儿岛的小美人精灵竟然出…

航空自卫队小松救难队队员川岛遥风（高山侑子饰）正驾驶着直升飞机UH-60J飞行在山岳地带的上空。川岛的母亲曾经被救难队所救，由此她十分向往这个崇高的职业，目前正在接受救难直升机驾驶员的实战训练。幸存者被救上飞机后，川岛急速上升…