1989年，日本。乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在...

2016年，日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次被确认以来已经过数月，其正体仍未判明，人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的事实是，被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。对此感到焦躁的日本政府为了解决…